Ο φορέας διοικείται από το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.). Αποτελείται από δώδεκα μέλη (12), τα οποία εκλέγονται από τη Γ.Σ. Η θητεία του Δ.Σ. ορίζεται σε τέσσερα (4) χρόνια, περατούμενη με την έγκριση της ετήσιας οικονομικής κατάστασης του τετάρτου έτους.

   Η διοίκηση και λειτουργία του Διοικητικού Συμβουλίου διέπεται από τις διατάξεις των σχετικών άρθρων του Π.Δ. 323/1989, τις διατάξεις του Ν.2190/1920 όπως ισχύει σήμερα, και του κανονισμού Διοίκησης και Λειτουργίας του.

   Το Δ.Σ. εκπροσωπεί την επιχείρηση και είναι αρμόδιο να αποφασίζει για κάθε πράξη που αφορά τη διοίκηση της, τη διαχείριση της περιουσίας της και την επιδίωξη του σκοπού της και γενικά να αποφασίζει για κάθε ζήτημα που την αφορά, με εξαίρεση εκείνα τα οποία κατά το νόμο ή το καταστατικό υπάγονται στην αποκλειστική αρμοδιότητα της Γ.Σ.

   Το Δ.Σ. μπορεί να αναθέτει το σύνολο ή ορισμένες από τις αρμοδιότητες και εξουσίες (εκτός από αυτές που απαιτούν συλλογική ενέργεια) καθώς και την εκπροσώπηση της Εταιρείας και τη δέσμευσή της με υπογραφή υπό την της Εταιρική επωνυμία σε ένα ή περισσότερα πρόσωπα, μέλη του Δ.Σ. ή μη, καθορίζοντας και την έκταση αυτής της ανάθεσης καθώς και τον τίτλο, την αρμοδιότητα και εξουσία αυτών των προσώπων.

   Στη Γενική Συνέλευση των εκπροσώπων των μετόχων της διαδημοτικής επιχείρησης Περιβαλλοντική Αναπτυξιακή Δυτικής Θεσσαλίας (Π.Α.ΔΥ.Θ. Α.Ε.) που πραγματοποιήθηκε στις 24 Απριλίου 2015, συγκροτήθηκε το Δ.Σ. σε σώμα, ως εξής:

​